下楼梯在房间内找到队员加入，来到街道遭到楼顶狙击手的攻击。这时不用还击，利用街道两侧的角落藏身，然后用快跑（Shift）到下一个安全位置等能量恢复。在商店里找到一名女队员，得知巴尼在屋顶被狙击手困住不得脱身。跑入大楼在洗手间拿到补给，听到救命声跳入下面的水里找到受伤的队员，得知其他人在楼上。消灭出现的七只僵尸，由楼梯上去找到困在楼顶的巴尼，然后从箱子里拿到手榴弹，再确定两名狙击手的位置，朝窗户里扔手榴弹炸死他们。
和巴尼一起来到街道，他会操作电脑打开防御墙。由楼道穿出去来到庭院，这里遇到伏兵，用重力枪投掷油桶炸死他们。上阶梯进入大楼，由走廊的窗户看到博物馆的大楼，据巴尼所言，那幢大楼的顶部安装了抑制系统，要把它关掉才能穿过那里。来到房间被敌人发现，一道白光射过来能将人体融化，那就是博物馆顶的抑制武器。下楼梯穿出走廊来到户外街道（1），前方通道有电磁屏障，沿街道走到末端进入仓库（2），沿途要躲避白色光柱，沿着围栏一直跑到另一侧的房间（3），放出铁笼里的俘虏，带着他们穿过广场跑到博物馆大门的右侧屏障（4）前，用重力枪打掉插头。进入大楼后上楼梯，在走廊里遇到蓝色激光，上前触发它会出现一座炮塔，将手榴弹扔到炮塔里面炸掉它，巴尼上前用电脑打开大门。进入大厅（5）看到穹顶的直升机，大厅附近有几道电磁屏障，要关闭发生器才能消除它们。走到大厅另一侧的小门（6）前，门口有激光触发它，用手榴弹炸掉两座炮塔。找到楼梯间（7），上去在房间（8）释放战俘，炸掉两个炮塔进入控制室（9），用重力枪关闭发生器。过天桥（10）进入走廊，沿着它抵达仓库（11），进去后两侧大门同时关闭，走廊上出现敌人围攻，这时用重力枪透过墙洞在走廊上安置跳雷，然后守在墙洞射击跑动的敌人。在杀掉10余名后，大门被敌人割开，敌人由两侧攻进屋里，保护巴尼的安全，杀光敌人后穿过走廊到控制室（12）关闭第二台发生器。接下来走天桥（13），不用触发走廊尽头的炮塔，往右转进入房间（14），里面激光密布，不要触碰它们，利用设备（管道、铁架）跳过去。地上的跳雷用重力枪解除（不要引爆），跳到房间的另一侧按动开关将所有激光关闭，巴尼跑进来会合，进入控制室（15）关闭第三台发生器，这时所有的屏障解除，大厅的出口被打开。解除三只跳雷进入控制室，巴尼打开楼梯间的大门，三名队员加入队伍，巴尼离队。
来到楼顶杀掉一群敌兵，在门口旁拿到无限榴弹箱，这时空中出现直升机，用榴弹炮摧毁它，然后敌人的运输机会投下一队士兵，打开一道铁门冲过来。杀掉他们后沿铁门出去来到大楼另一侧，用开关放下天桥进入对面的建筑，找到炸坏的地板跳下去。回到博物馆前的广场，这里出现四只巨大的三角机甲怪，快速跑动跳入巨大的弹坑，穿出去跳到街道对面，在角落里有一只无限榴弹的箱子，使用榴弹炮将机甲怪全部炸毁，而后进入街道尽头的院落找到楼梯下去。穿过地下停车场上楼梯，沿着残垣断壁爬上去，在楼梯间找到另一只榴弹箱，消灭街上的机甲。由走廊的地板大洞跳下去，穿过地下停车场来到另一处废墟。据队员所说，这里的街道被机甲所占据，下面要做的是寻找制高点来压制它们。沿着断墙和柱梁一直往上冲，在平台上找到榴弹箱，将两只三脚机甲炸死后，踏着空中的铁梁走到废墟边缘，纵身跳落到街道上遇到阿狗。在杀死所有敌兵后，跳入阿狗打开的地下通道。 第十三章 我们的恩主
沿山洞往前进入昏暗的山谷，前方的路断掉了，这时往左沿峭壁一路跳过去，这里的道路异常险峻，稍有不慎便会摔得粉身碎骨。由水管跳到中央往复升降的石台上，再跳到相邻的通道。沿石径一直走，途中会有升降的石柱小心被砸到，往前看到有两排运输舱的空中轨道，其中有一排要进行电子灭菌。跑到另一侧进入航道相反的运输舱，接下来展开一段奇妙的旅程。
进入检查站后所有装备被自动清除，这时敌人来袭，迅速跑到角落拾起充满能量的重力枪，重力枪此刻威力增加，几乎可以吸附远处的敌人，摔出去使他们融化掉。前方一路没有岐路，一边听布林的唠叨和说教，一边应付沿途围截的敌兵，在尽头找到升降梯一直到达上层。前面的电磁屏障用重力枪吸引能量球来消除，找到升降机后会遇到大批飞锯和敌兵，按动开关等平台降下来。
升到顶层沿通道杀过去，在宽大的走廊遇到大批敌兵，快速往前冲并处理掉敌兵，然后出现一只巨大的三脚机甲，吸引两侧的能量球摧毁它。在左侧有道屏障，将光柱里的三只能量球吸出来可解除它，然后跳下去找到运输舱继续在城堡中穿行。
第十四章 暗能
运输舱最终被布林所捕获，在莫斯曼的带领下去见布林。在中央室里看到布林正在劝说伊莱放弃抵抗，并以爱莉克斯的性命要挟，这时莫斯曼突然倒戈解除了我们三人的束缚，布林见状不妙仓皇逃跑了。
跟着爱莉克斯进入升降梯，出升降梯进入一间实验室，结果布林又跑掉了。爱莉克斯打开了电梯，接下来要去破坏暗能聚变堆。在大厅听布林演说完，往右侧等柱子升起来跑过去，吸走左侧光柱中所有的能量球。由升降的柱子跳到对面的平台，绕到右侧再往中间的通道跳上柱顶，升上去后一直往上跳跃，最后到达顶层平台看到布林开始启动传送门。跑到平台的左侧，用重力枪吸附光柱里的能量球消灭两架直升机，然后朝传送门下方的白色光团发射能量球，直至将白光和传送机摧毁。布林在爆炸声中消失了。
任务终于完成了，神秘的G-man再次出现，看来说不定什么时候他还会交给我什么有趣的任务……
