根据梅尔菲斯的遗言，里特一行离开剑士之岛，前往亚拉古纳大裂岛，据说神剑就在该岛中央的紫云之塔。一路平安无事，顺利抵达亚拉古纳大裂岛后，下船进入高斯森林中，但见森林中到处是巨大的植物，有时必须躲开巨花喷射的毒雾，有时则要利用植物的茎干前行。此时马雷古提议先到北边的纳纳恩村休息一下，那里乃是他的故乡。当众人走近纳纳恩村时，看到附近一大片土地都枯竭了，马雷古告诉大家此乃梅尔菲斯所为，他在此地解开了巴鲁玛之爪的封印。
进入纳纳恩村内，众人受到村民的热烈欢迎。马雷古向长老说明梅尔菲斯事件之后，长老告诉大家，纳纳恩之民既不属于光也不属于暗，对于他们来说暗未必都是邪恶的。光与暗就如同火与风，火能令人温暖但同时会烧尽一切；风是寒冷的可却能运送种子。里特听后略有所思，但是身为光之神古拉纳斯神官的艾蕾娜则坚决反对这一说法。接着长老问里特，为何要取神剑，里特回答为了不再逃避，并非是因为考虑到光、暗之神。长老听了很欣慰，说只要从心里对于大自然的恩惠而感到喜悦、坚强地生存下去就可以了。
为了欢迎村内最强战士马雷古的归来，村民们决定举行祭典，但是缺乏一种必要材料，于是就拜托里特与艾蕾娜一同去禁断之室。两人欣然应允，走入禁断之室后发现里面空无一物，正在纳闷间，旁边的村民启动机关，地上出现一大窟窿，里特与艾蕾娜立刻掉入其中。好在洞窟下有厚实的稻草铺着，虽然没有摔伤却跌得屁股痛。两人一阵埋怨后继续前行，在宽阔的洞窟中央发现一块石碑，上书“祈求大地恩惠者唷，往右边的试练场。”石碑上蹲着一只巨大的卡罗，它带两人进入试练场。此乃一个MINI GAME，通过方向键移动里特，然后按A键拾取果实，但要注意不能碰到红色的果实，否则会麻痹。每次皆会给玩者一个规定的果实数，只要拾到其规定的数目就能换取奖品。建议大家在离村之前多玩两次这个游戏，便可获得一个增加金钱的道具和一本“武者之书”。取得果实后，里特与艾蕾娜走向出口，穿过满是青汁的池塘，通过弹簧座回到地面上。结果村人要里特他们去取的倒不是果实，而是那气味独特的青汁。入夜，村民们载歌载舞祝贺丰收，艾蕾娜亦忍不住唱起了光之歌。一旁的马雷古与逖奥谈心，逖奥对于自己是否能拥有人心而迷惑，马雷古让她不要称自己为主人而直呼名字。逖奥犹豫着说出“马雷古”时，觉得有种温暖的感觉，马雷古笑着告诉她这就是她拥有心的最好证明。里特与艾蕾娜来到泉水边，里特向艾蕾娜致谢，自己被角附身时多亏有她相助，并表白自己觉得艾蕾娜已是心中最重要的人。面对里特的告白，艾蕾娜却无法回应，她害羞地借口去泉边喝水而跑开来了。来到泉水边，艾蕾娜为此事苦恼，米蕾妮娅出现在水中责备艾蕾娜不应听从塞拉的话，并说若是自己，只要为了里特可以献出自己的身体与性命。里特在泉水附近徘徊着等候艾蕾娜的归来，却见回来的乃是米蕾妮娅。米蕾妮娅问里特究竟在两人之间选择谁？里特无法回答她，只觉得米蕾妮娅一会儿出现一会儿消失，给他不安定的感觉。米蕾妮娅说自己已没有时间等待里特的决定，扑到里特怀里强行索吻。当里特与米蕾妮娅接吻时，她却又突然变回艾蕾娜。艾蕾娜误以为里特最终选择了米蕾妮娅，伤心地跑开了。
次日，众人各怀着心事离开纳纳恩村，前往大地裂缝中的紫云之塔。穿过高斯森林的东部，不一会儿就来到了大地裂缝。一路往下爬，终于看到了被厚实的等离子云壁包围着、宛若龙卷般的东西。在云壁外的黄沙上散落着诸多人偶的碎片，逖奥说那些都是神魔大战时巴鲁玛制造的士兵，而这附近应该有控制龙卷风暴的制御室。众人往前行没多少路，就找到了恶魔之暗（DEMONS LOW）。开启两边房间里的装置，打开居中的大门，往深处走便是制御室。在制御室内居然还残留着一具指挥官人偶，她命令逖奥去破坏插在巴鲁玛身体上的神剑，遭到拒绝后就释放强力的电流企图消除逖奥的记忆，好在逖奥奋力抵抗，并表示自己已找到了心与她们不一样，不再是受人摆布的人偶了。众人上前帮助逖奥击倒那指挥官后，解除龙卷风制御装置，并回到云壁处。此时云雾业已散开，只见一柄巨大的紫色宝剑直插入地，将巴鲁玛的身体牢牢地钉在地上，大地从其下裂开，裂缝一直延续向远方，形成了分割世界的大峡谷。众人正待前往神剑处，突然从旁边的山崖上传来一阵高笑，抬头望去，竟然是茜蕾妮与圣堂骑士！茜蕾妮夸奖艾蕾娜办事得力，然后她割伤自己的手，令血滴在神剑下的巴鲁玛身体上，身体立刻膨胀起来，紧接着茜蕾妮将圣堂骑士推下去作为巴鲁玛身体的祭品令其复活！里特他们大为不解，但此时的情景不容得去理会茜蕾妮，艾蕾娜变为米蕾妮娅催促众人进入身体内打倒其控制中枢。
里特他们跟着米蕾妮娅进入巴鲁玛身体内，先通过触手通路进入静脉，这里需要不断地通过升降梯、切换按钮来前行。然后至球体空间令血管颠倒，再由动脉回触手通路，来到中枢内。击倒与巴鲁玛身体同化的圣堂骑士后，米蕾妮娅正待吸收巴鲁玛的身体，里特上前阻止，米蕾妮娅反驳说她只是想要回自己的身体，这又有什么错？说完，她气呼呼地变回艾蕾娜。巴鲁玛的身体崩溃后，神剑亦随之倒在地上，大家正为如何将此庞然大物带回去而发愁，逖奥却说她可以制御神剑。说着，带众人进入神剑内部的控制室，令神剑飞了起来！
在飞往桑托海姆法国的途中，艾蕾娜闷闷不乐地表示很累了，要到房间里休息一会儿。进入房间内，米蕾妮娅出现在镜子里，责备艾蕾娜不应该顺从塞拉的意思，应该多考虑一下里特。艾蕾娜立刻与米蕾妮娅吵了起来，说自己最讨厌她并要米蕾妮娅消失！就在这时，天空突然暗了下来，血红的巴鲁玛之月上似乎有什么东西在蠕动着，显得异常诡异。艾蕾娜惊呼此乃“暗之日”、是巴鲁玛复活的征兆，但她又不相信暗之日竟会来临，因为自己一直在努力令巴鲁玛无法复活。神剑加速飞行，很快就在桑托海姆法国的牧场停了下来。出得神剑，却听到村人的呼救，并得知当暗之日出现后，大家跑到神殿前询问，此时圣堂骑士竟突然斩杀村人！里特他们急忙进入市内，正撞见圣堂骑士在行凶，将其打倒后发现这些骑士都是被制造出来的人偶！赶到神殿前，茜蕾妮拦在门口，狡辩说命令圣堂骑士杀人是让人们从其罪恶中解脱，死是唯一的方法，这亦是她的使命。说完，茜蕾妮从高台上跳下，与诸多圣堂骑士合体成为巴鲁玛的心脏，向众人发起了攻击。击倒心脏后，艾蕾娜直接吸收了它，并不理会里特的质疑，径自往神殿内走去。里特他们紧随其后来到大圣堂的神圣之扉，见到艾蕾娜正在质问塞拉，为何会出现暗之日？为何茜蕾妮乃是巴鲁玛的心脏？接着，里特他们得知塞拉所说的封印巴鲁玛方法，竟然是让艾蕾娜收集所有的巴鲁玛碎片后，再让神剑贯穿她的身体，同时杀死巴鲁玛！艾蕾娜急着让塞拉赶快举行仪式，不要让巴鲁玛复活。于是塞拉将众人带到禁断之间，给他们看记载着过去神魔大战的壁画、世界的真实！
