走廊里出现生化导弹兵，比较强悍，喷火枪或激光枪对付他们的效果不错；另外，偶尔还遇上隐形的激光兵，所以作战是越来越难了。来到接待厅，左边通卫生间，因此转右（朝南），消灭餐厅里的众多敌人，再顺走廊往西，下斜坡，经过旋转玻璃门，进入全息影像厅。NOD领袖凯恩对哈洛克的“表现”非常恼怒！别管那么多，先分别到该厅左、右两道门所通的房屋的尽头去摧毁主控终端（别打那些技术人员，否则将引出隐形激光兵），再坐前方的电梯下去，即见到被关起来的科学家莫比尔斯和……樱花。看来她是真的成了NOD的叛逆了！漂亮的雪丽被绑在座位上，遭NOD女博士的注射。阻拦哈洛克解救科学家的boss是原本身材矮小的瑞夫索，可能是归于某种科技的缘故，他变得非常高大，也极其强悍。其攻击方式是逼近目标后掐其脖子，然后扔出老远；到后期则能召唤致命的闪电，因此从一开始就用上武器库中最强大的个人离子炮（Personal Ion Cannon），才有可能赶在他召唤闪电前击败之。被瑞夫索掐住并甩出几乎是无法避免的，只需注意别被逼到死角了，那样会遭到连续地掐、摔，直至死亡。在挨了十多次离子束后，瑞夫索终于倒下。
别急着下坡，能量站和通讯站上都站有强力士兵，首先照例清除设施周围之敌，摧毁停机坪和萨姆平台。此时因通讯站的干扰，与总部的卫星通讯联系被切断。进入通讯站，下到一楼通讯大厅，对这儿应该比较熟悉了吧，不过敌人的单兵作战能力已今非昔比，谨慎点好。目标房间里除了两名火箭筒军官外，还有两台自动机枪。摧毁主控终端，与总部的通讯联络才得以恢复。现在去那座巨大的飞行器，里面重力结构非常奇特，在尽头捡到一把新式的发射蓝色激光的武器——高压电枪（volt auto rifle）。回到能量站区，开启第三道大门，坐上坦克将能量站轰毁，NOD神庙前的红色激光栅栏随即解除。到神庙前，干掉两辆隐形坦克，捡起地上的离子光定位器，嵌上神庙大门，即启动卫星发射离子光……。
