解救了空贼们之后到山猫号上和吉尔对话，可以得到密码『ORPHEUS』（前提是先到工业区的终端调查了『ゲートのロック解除』这个选项，会出现需要密码密码）。就可以调查工业区上方的终端，然后选择密码『ORPHEUS』开启了通向中枢塔的地下通道了。最后从地下通道来到中枢塔。
中枢塔一共七层，都是很简单的迷宫。第二层到第五层就是和那几个执行者战斗，这下这些执行者都用全力了，注意多多小心。科洛丝降低防御和攻击的招数对他们没用。只有加我方的速度和攻击力了。二层怪盗，三层瘦狼，四层幻惑之铃，小心她的分身，在她分身之后千万不要用全体攻击的战技，不然只会打到自己。五层玲和大型机器，先灭小兵，把玲打得只有一点血之后开始打机器人，注意机器人的攻击很强劲，还会以10000血的方式复活玲，玲会一击必杀攻击。六层对剑帝，他的必杀带有冰冻效果，不过已经不强了。
剑帝之后是三人对战前作最终boss加强版，可以用公主给它降攻降防，然后就简单了。
最后迎战教授和教授变身和变身再变身。教授会一招把人打没了，然后过一段时间又会出现，只是EP值变成零。变身之战很简单，变身的变身会有属性变化，注意根据它的属性来用魔法攻击，它还有一招地下黑圈，注意移开，掉到地下去人物就消失了。
最终战斗还是很简单的，关键就是时间问题，战斗结束后迎来了大结局，然而命运的齿轮才刚刚开始转动，而一旦开始了转动，不到一切结束的时刻是不会中止的。在别的某个地方，由命运选中的人们将继续这个故事……
